Øens geologi er præget af svagt markerede bakkestrøg på den centrale og vestlige del af øen, der er orienteret mod nordvest. Langs kysterne findes stedvist flader af hævet havbund.
Geologisk dannelse og terræn
Den centrale og vestlige del af Endelave består af lave bakker, der er skabt under skiftende istider. Gletscheris førte materiale til området, der blev afsat i store bakker. Bakkerne blev senere overskredet af isen og på den måde igen udjævnet. I dag optræder bakkerne som lave, langstrakte strukturer, der er orienteret i isens bevægelsesretning under den seneste overskridning. Det var den Ungbaltiske Is, der bevægede sig mod nordvest. Bakkerne kendetegner især den centrale og vestlige del af øen, hvor de strækker helt ud til kysten og skaber et let hævet terræn.
Efter istiden var enorme vandmasser fortsat bundet i isen, der smeltede langsomt. Derfor var Verdenshavet 120 m lavere end i dag. Først i stenalderen smeltede isen omkring Skandinavien og havet steg markant og oversvømmede store områder. Efterhånden som den sidste is smeltede, og isens tyngde dermed forsvandt, hævede landet sig. Endelave er dermed hævet 2 meter, og flader af tidligere havbund omgiver derfor bakkerne på den centrale del af øen.
I nyere tid har havet aflejret materiale i strandvolde langs kysterne omkring den østlige del af øen samt den vestvendte spids. På øens vestlige spids har en oddedannelse afsnøret et mindre område, Kloben.
Jordart
Jordarten i området afspejler den geologiske dannelse. Bakkerne på den centrale og vestlige del af øen består af moræneler (ML), der er aflejret af isen og betegner usorterede sedimenter med et højt indhold af ler. I mindre områder optræder smeltevandssand (DS), som er afsat af smeltevand.
Områder med hævet havbund og strandvolde består af saltvandssand (HS).
Hydrologiske forhold
Øen er kendetegnet ved store lavbundsflader langs øens vestvendte kyster. På øens vestvendte spids har strandvolde inddæmmet strandsøer, der omgives af strandenge.
