Ifølge statens grundvandskortlægning har Hovedgård området status som ”lettere” belastet med nitrat i form af stedvist forhøjede koncentrationer af nitrat og stigende og/eller forhøjede koncentrationer af sulfat. Der er påvist nitrat i ca. hver 6. boring i området.
Størst er belastningen i den nordøstlige del af kortlægningsområdet mellem Tebstrup og Yding, hvor der er nitratkoncentrationer langt over grænseværdien på 50 mg/l. Nitrat er også fundet mod syd og sydøst i moderate koncentrationer ved Tvingstrup. Der er gjort fund fortrinsvist overfladenært men også bemærkelsesværdige fund ned til både 40 og 90 m.u.t. Et stigende sulfatniveau for flere områder i OSD`et indikerer, at der tæres på nitratreduktionskapaciteten og, at nedsivende nitrat kan være en sandsynlig årsag. Det er dog i Skanderborg og Odder kommuner at der er gjort flest fund.
Lerdæklagenes tykkelse har markante variationer og særligt er der kortlagt nogle tykke beskyttende lag af smeltevandsler i områder med begravede dale. Andre steder er lerlagene tynde eller helt manglende, hvorved der opstår såkaldte ”geologiske vinduer” som blotlægger grundvandsmagasinerne og gør dem udsatte for forurening. Lerlagenes naturlige beskyttelse og de generelle grundvandskemiske forhold indgår i udpegningen af de nitratfølsomme indvindingsområder.
På den baggrund er der udpeget store nitratfølsomme indvindingsområder særligt i den vestlige halvdel af området.
Det bemærkes dog, at der i Hovedgård området overvejende indvindes gammelt grundvand og af vandtype C og D, hvilket normalt indikerer en god beskyttelse. Horsens Kommune vurderer, at sårbarheden ikke er entydigt fastlagt i området. Det er vigtigt, at sårbarhedsudpegningen vurderes i området, og udpegningen vil derfor blive vurderet nærmere i forbindelse med udarbejdelsen af indsatsplanen for området.
I lokalt afgrænsede områder i Hovedgård området er der gjort fund af pesticider. Det hyppigst fundne stof er nedbrydningsproduktet 2,6-Dichlorbenzamid også kaldet BAM. På trods af arealanvendelsen med spredt bymæssig bebyggelse og åbent landbrugsland er pesticidfund i en undersøgelse fra 2009 tilsyneladende lokalt begrænsede. Dengang blev der gjort fund i ca. hver 11. boring og det blev konkluderet at pesticider og andre miljøfremmede stoffer ikke udgjorde en større trussel /4/.
Et pesticidudtræk fra 2013 viser dog et lidt andet billede, idet der blev konstateret pesticider i 15 boringer ud af 83 indenfor OSD`et og indvindingsoplandene til Gedved, Haldrup og Oldrup. Det svarer til knap hver 6. boring. De flere fund er tilskrevet dels, at der er tale om et andet areal og dels, at der kan være en reel stigning i antal fund. For begge undersøgelser gælder det, at et relativt stort antal fund er gjort i Skanderborg og Odder Kommuner /4/.
Regionernes kortlagte V1/V2 lokaliteter i området vurderes generelt ikke at udgøre et problem for grundvandet.
I redegørelsesrapporten /4/ fra staten konkluderes det, at de miljøfremmede stoffer, herunder pesticiderne, udgør et moderat problem for området som helhed, men lokalt kan der være behov for en indsats særligt i de boringsnære omgivelser. På landsplan er tendensen med pesticidfund dog stigende og dette kan også på sigt slå igennem for Hovedgård området, se også Faktaboks 3, i afsnittet Forurening af grundvandsressourcen, under Grundvandsressourcer i Horsens Kommune.
Der kan derfor være behov for at udpege pesticidfølsomme arealer som supplerende indsats i forbindelse med indsatsplanen for området. Kommunerne har fuld bemyndigelse til at udføre områdeudpegningen under anvendelse af Miljøbeskyttelsesloven.