Grundvandsmagasinet er dårligt beskyttet, på grund af det begrænsede lerdække over magasinet, som de fleste steder er mindre end 5 meter tykt, og nogle steder helt fraværende. Hele drikkevandsområdet er derfor vurderet som nitratfølsomt.
Grundvandskvaliteten afslører magasinets nitratsårbarhed, idet der er målt små koncentrationer af nitrat, ganske vist kun lige over detektionsgrænsen, men også en svagt stigende koncentration af sulfat.
Den svage stigning i sulfat skyldes formentlig, at der foregår reduktion af nitrat i undergrunden. Jordens evne til at reducere nitraten er ikke uendelig, og jo mere kvælstof der tilføres på jordoverfladen, desto hurtigere opbruges jordens evne til at reducere nitraten. Selvom et egentlig nitratgennembrud næppe er umiddelbart forestående i magasinet, vurderes grundvandsressourcen ud fra de kemiske analyser ikke at være robuste overfor yderligere nitratpåvirkning.
Vandindvinding på en ø, er altid forbundet med en risiko for saltvandsindtrængning. Chloridindholdet ligger højt, mellem 60 og 80 mg/l, men stabilt, der er således ikke noget der indikerer, at der med den nuværende eller den tidligere lidt højere indvinding, trækkes havvand ind i grundvandsmagasinet. Selvom chloridindholdet vurderes, at være normalt for grundvand i kystnære områder, er det vigtigt at være opmærksom på denne udfordring ved behandling af vandindvindingstilladelser på Endelave.
Der er ikke gjort fund af hverken pesticider eller andre miljøfremmede stoffer i grundvandet.
Der er heller ikke kortlagt jordforureninger på hverken vidensniveau V1 og V2, jf. Bilag 4.